Tradutores: Regis Vieira, Enderson Miranda

 

 

Catherine Carver, Nick Jones

Edinburgh / Oxford
Em nome da Equipe de Serviço de Evidência Oxford COVID-19
Centro de Medicina Baseada em Evidências, Departamento Nuffield de Ciências da Saúde Universidade de Oxford
Correspondência para jamie.hartmann-boyce@phc.ox.ac.uk

26 de Março de 2020

 

PARECER

Os únicos dados específicos atuais sobre COVID-19 que comparam OF com NF provêm de dois estudos de baixa qualidade e não revisados por pares, e devem ser vistos com cautela. Não é possível avaliar sensibilidade com precisão baseado nos dados existentes e não existem dados para avaliar o impacto diagnóstico da combinação dos dois testes.

Foram encontrados dois estudos sobre COVID-19, um com 213 pacientes e 205 amostras OF e 490 NF (1) e outro com nove pacientes e um número desconhecido de amostras (2). O estudo menor de Wolfel não encontrou diferença nas taxas de detecção entre OF e NF, mas Yang, o maior dos dois estudos, informou que os swabs de OF detectaram o vírus COVID-19 com menos frequência do que os swabs de NF e não devem ser usados no lugar de swabs de NF. Essa diferença foi mais notável em 8 dias ou mais após o início da doença, com uma diferença mínima de cerca de 20 pontos percentuais nas taxas positivas entre os swabs OF e NF. A diferença foi menor em 0 a 7 dias, com cerca de 60% dos pacientes infectados com COVID-19 positivos no OF versus cerca de 70% no NF.

Ambos os estudos recrutaram pacientes hospitalizados e não está claro se o primer usado no RT-PCR foi o mesmo usado em outros países. A aplicabilidade a outros ambientes de assistência médica é, portanto, incerta. No geral, os dados não são robustos, mas devemos advertir contra confiar apenas no OF sobre o NF.

 

CONTEXTO


SARS-CoV-2 é o vírus que está sendo detectado para testes da doença COVID-19; para facilitar a comunicação, esta revisão vai se referir como teste do vírus COVID-19. As técnicas de teste para o vírus COVID-19 estão em constante evolução com o objetivo de termos testes mais rápidos e que necessitam de tecnologias menos complexas. As diretrizes atuais do NHS (Serviço nacional de saúde do Reino Unido) para o teste do vírus COVID-19 afirmam que a técnica de triagem / teste preferido é o diagnóstico molecular usando o teste de RT-PCR em tempo real (gene RdRp).

Uma questão é como coletar amostras para testes, pois o mecanismo afeta a viabilidade de expandir para testes em massa da comunidade, distribuindo testes domésticos ou usando filtros de tela. Orientação atual sobre saúde pública na Inglaterra recomenda que amostras do trato respiratório superior sejam administradas em uma das seguintes maneiras:

  • swabs individuais de nariz e garganta em tubos de coleta separados
  • swab combinado de nariz e garganta em um tubo de coleta contendo meio de transporte universal
  • swab único usado para garganta e nariz
  • aspirado nasofaríngeo

Eles também recomendam a coleta de uma amostra do trato respiratório inferior na forma de escarro, se possível.

Atualmente, o CDC (Centro de Controle de Doenças) dos EUA está recomendando a coleta apenas de swabs nasofaríngeos (NF), ao invés de NF e orofaríngeos (OF). Entretanto, seria mais fácil realizar OF sem treinamento prévio. A pergunta é se existe uma diferença significativa na sensibilidade entre os dois métodos.

 

ESTRATÉGIA DE BUSCA

 

Termos de pesquisa: COVID-19, SARS-CoV-2, wuhan coronavirus, 2019-nCoV, 2019nCoV, nasopharyngeal, oropharyngeal, swab, diagnosis, diagnostic, test, sensitivity

Bancos de dados: PubMed, Embase, Web of Science, Scopus e Google Scholar. As pesquisas do Google também foram usadas para fornecer acesso a informações governamentais, de institutos internacionais e do setor. As pesquisas foram limitadas a 2020 porque o primeiro teste foi desenvolvido em Janeiro de 2020.

Êxitos: 527 citações únicas

Artigos úteis: 2.

Além disso, uma revisão chinesa potencialmente relevante de Ye e colegas (3) foi encontrada mas excluída porque estava em chinês e, a baseado no resumo, parecia basear-se em dados de MERS/SARS/H1N1. Outro artigos de Wang e colegas (4) foi excluído porque, ao entrar em contato com os autores, descobrimos que “faríngea” incluiu OF e NF, enquanto “nasal” significava narina.

 

 

RESUMO DOS RESULTADOS DOS ESTUDOS MAIS ÚTEIS 

COVID-19 teste de vírus: OF vs NF

Encontramos dois artigos que compararam OF versus NF. Ambos eram de baixa qualidade e não revisados por pares e, portanto, devem ser vistos com cautela. Yang 2020 (1) examinou 205 swabs na garganta e 490 swabs nasais (confirmadas pelo autor como OF e NF, respectivamente) em 213 pacientes com COVID 19 hospitalizados na China. Eles relataram taxas de teste positivas para esses diferentes swabs em casos leves e graves em momentos diferentes após o início da doença. Eles concluíram que as swabs OF não devem ser usadas para o diagnóstico. Isso foi baseado nas seguintes taxas positivas:

Dia 0-7

Leve: OF 61,3% (46/75) NF 72,1% (147/204)

Grave: OF 60% (12/20) NF 73,3% (11/15)

Dia 8-14

Leve: OF 29,6% (8/27) NF 53,6% (96/179)

Grave: OF 50% (18/36) NF 72,3% (34/47)

Day 15+

Leve: OF 11,1% (1/9) NF 54,5% (6/11)

Grave: OF 36,8% (14/38) NF 50% (17/34)

Nenhum cálculo de significância foi realizado.

Isso contrasta com um estudo menor de Wolfel 2020 (2) que descreveu OF e NF em nove pacientes com COVID-19 na Alemanha. Eles relataram todos os swabs (número desconhecido) de todos os pacientes tomados nos dias 1-5 dos sintomas com resultado positivo. Eles também declararam que as swabs coletadas após o dia 5 apresentaram uma taxa de detecção de 45,95% e não encontraram diferenças discerníveis nas cargas virais ou nas taxas de detecção ao comparar NF e OF.

 

ANÁLISE CRÍTICA DE ESTUDOS DE ACURÁCIA

 

A ferramenta ‘CASP’ foi utilizada para avaliação crítica dos estudos de acurácia. Ambos os artigos foram avaliados como de baixa qualidade.

Primeiro, não é possível calcular a sensibilidade porque os dois trabalhos assumem que todos os positivos são verdadeiros positivos e que todos os negativos são verdadeiros negativos. Existem poucos dados públicos sobre as taxas de falso positivo e falso negativo dos vários testes baseados em RT-PCR, mas isso foi levantado como um problema em potencial (ver Ai 2020 (5) e Zhuang 2020 (6) – para este último, apenas o resumo está em inglês). As sensibilidades do teste podem ser afetadas pelo primer usado no RT-PCR, que vale a pena notar ao comparar artigos em que o primer não está indicado, como Yang, aos dados do Reino Unido. Por exemplo, Chan et al (7) descreveram como o ensaio COVID-19-RdRp / Hel foi positivo para mais 42 amostras de RdRd-P2-negativo [119/273 (43,6%) vs 77/273 (28,2%), P<0,001. Não está claro se diferentes iniciadores alterariam as sensibilidades relativas de diferentes tipos de amostras.

Segundo, há uma falta de clareza sobre o padrão de referência em que os testes estão sendo comparados. No caso de Yang, presume-se que tenha um RT-PCR positivo de qualquer uma das amostras colhidas (OF, NF, expectoração, LBA), mas isso não está claro. Se for esse o caso, embora compreensivelmente pragmático nas circunstâncias, significa que o padrão de referência possui sensibilidade e especificidade de fluidos e que o padrão de referência e o teste em questão podem ser a mesma coisa. Isso também é um problema em Wolfel, onde parece que o padrão de referência era um NF ou OF positivo.

Finalmente, nenhum artigo forneceu uma descrição detalhada da técnica de amostragem, o que pode ser importante em termos de interpretação da precisão de cada abordagem.

 

 

OF vs NF em outros vírus respiratórios

Tendo poucos dados sobre COVID-19, também analisamos brevemente OF vs NF em outros vírus respiratórios. No entanto, pesquisas anteriores sobre OF vs NF em vírus respiratórios são ambíguas. Por exemplo, em um estudo de 2.331 amostras emparelhadas 2011 Kim relatou (8) que “As sensibilidades foram variáveis entre os oito vírus testados; nenhum dos testes foi consistentemente mais eficaz que o outro. ” O estudo deles não incluiu o coronavírus. Igualmente, em um estudo menor em 2009 Lieberman (9) examinou 12 vírus respiratórios e encontrou uma sensibilidade significativamente mais alta para NF sobre OF, embora isso não tenha sido estatisticamente significativo para vírus do tipo coronavírus (o estudo foi insuficiente para detectar diferenças dentro dos grupos de vírus). No que diz respeito à combinação de métodos de amostragem, uma revisão de 14 estudos em 2019 (10), ao examinar os vírus da gripe, também relatou que a NF tinha uma sensibilidade mais alta que a OF, mas apontou que “uma combinação de dois métodos menos invasivos de esfregaço, como esfregaços nasais e orofaríngeos, teve quase a mesma sensibilidade que as amostras nasofaríngeas”. No entanto, esses resultados são baseados na gripe influenza e os dados de Kim sugerem variação específica do vírus na sensibilidade do local; além disso, esta foi uma revisão descritiva porque a falta de homogeneidade entre os dados impediu a metanálise.

 

CONCLUSÃO


Resumindo, embora existam dados que as taxas de detecção variam de acordo com o local da amostra (consulte Wang 2020), os únicos dados específicos atuais do COVID-19 provêm de dois estudos de baixa qualidade e sem revisão por pares e devem ser vistos com cautela. Não é possível avaliar com precisão a sensibilidade dos dados existentes e não existem dados para avaliar o impacto diagnóstico da combinação dos dois testes. No entanto, o maior dos dois estudos encontrados relatou que os swabs de orofaringe detectaram o vírus COVID-19 com menos frequência que os swabs nasofaríngeos e não devem ser usados para substituir swabs nasofaríngeos, principalmente a partir do oitavo dia do início dos sintomas. Notavelmente, ambos os estudos foram baseados em pacientes hospitalizados (embora que Wolfel incluiu alguns testes de pacientes hospitalizados que também foram testados na comunidade), portanto a aplicabilidade aos cuidados primários pode ser limitada. No geral, os dados não são robustos, mas mesmo assim advertimos contra confiar em OF mais do de NF.

Declaração: este artigo não foi revisado por pares e não deve substituir o julgamento clínico individual e as fontes citadas devem ser verificadas. As opiniões expressas nesse comentário representam as opiniões dos autores e não necessariamente as da instituição anfitriã, do National Health Service (HHS), do National Institute for Health Research (NIHR) ou do Departamento de Saúde do Reino Unido. As opiniões não substituem a consulta médica.

 

Link para o original:  https://www.cebm.net/covid-19/comparative-accuracy-of-oropharyngeal-and-nasopharyngeal-swabs-for-diagnosis-of-covid-19/

 

REFERÊNCIAS

 

  1. Yang Y, Yang M, Shen C, Wang F, Yuan J, Li J, et al. Evaluating the accuracy of different respiratory specimens in the laboratory diagnosis and monitoring the viral shedding of 2019-nCoV infections. medRxiv. 2020 Feb 17;2020.02.11.20021493.
  2. Wolfel R, Corman VM, Guggemos W, Seilmaier M, Zange S, Mueller MA, et al. Clinical presentation and virological assessment of hospitalized cases of coronavirus disease 2019 in a travel-associated transmission cluster [Internet]. Infectious Diseases (except HIV/AIDS); 2020 Mar [cited 2020 Mar 20]. Available from: http://medrxiv.org/lookup/doi/10.1101/2020.03.05.20030502
  3. Ye B, Fan C, Pan Y, Ding R, Hu HX, Xiang ML. [Which sampling method for the upper respiratory tract specimen should be taken to  diagnose patient with COVID-19?]. Zhonghua Er Bi Yan Hou Tou Jing Wai Ke Za Zhi. 2020 Mar 13;55(0):E003.
  4. Wang W, Xu Y, Gao R, Lu R, Han K, Wu G, et al. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens. JAMA [Internet]. 2020 Mar 11 [cited 2020 Mar 20]; Available from: http://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2762997
  5. Ai T, Yang Z, Hou H, Zhan C, Chen C, Lv W, et al. Correlation of chest CT and RT-PCR testing in coronavirus disease 2019 (COVID-19) in China: a report of 1014 cases. Radiology. 2020;200642.
  6. Zhuang GH, Shen MW, Zeng LX, Mi BB, Chen FY, Liu WJ, et al. [Potential false-positive rate among the ‘asymptomatic infected individuals’ in  close contacts of COVID-19 patients]. Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi Zhonghua Liuxingbingxue Zazhi. 2020 Mar 5;41(4):485–8.
  7. Chan JF-W, Yip CC-Y, To KK-W, Tang TH-C, Wong SC-Y, Leung K-H, et al. Improved molecular diagnosis of COVID-19 by the novel, highly sensitive and specific COVID-19-RdRp/Hel real-time reverse transcription-polymerase chain reaction assay validated in vitro and with clinical specimens. J Clin Microbiol. 2020;
  8. Kim C, Ahmed JA, Eidex RB, Nyoka R, Waiboci LW, Erdman D, et al. Comparison of Nasopharyngeal and Oropharyngeal Swabs for the Diagnosis of Eight Respiratory Viruses by Real-Time Reverse Transcription-PCR Assays. PLoS ONE [Internet]. 2011 Jun 30 [cited 2020 Mar 25];6(6). Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3128075/
  9. Lieberman D, Lieberman D, Shimoni A, Keren-Naus A, Steinberg R, Shemer-Avni Y. Identification of Respiratory Viruses in Adults: Nasopharyngeal versus Oropharyngeal Sampling. J Clin Microbiol. 2009 Nov 1;47(11):3439–43.
  10. Spencer S, Thompson MG, Flannery B, Fry A. Comparison of Respiratory Specimen Collection Methods for Detection of Influenza Virus Infection by Reverse Transcription-PCR: a Literature Review. J Clin Microbiol [Internet]. 2019 Aug 26 [cited 2020 Mar 25];57(9). Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6711916/